1915年5月，时任校长周诒春以"清华学会"的名义创办《清华月刊》（中英文各半）。1915年12月又改由清华学校名义主办，含中英文两种版本，隔期出版。《清华学报》得到严复、黎元洪、梁启超等相继题写刊名。1920年至1923年停刊。1924年6月复刊后，改为半年刊，1928年改由清华大学学报编辑委员会主办，1931年改为国立清华大学出版委员会编辑，1934年改为季刊，抗日战争期间随校迁昆明出版，至1937年共出版30期。后因战事停刊，于1941年起又续办，改为半年刊。为纪念清华建校30周年，《清华学报》出版纪念号。抗战胜利后学报恢复出版，延续以前的刊名和卷号，于1947年10月、1948年8月各出一期，1949年停刊。1955年12月，《清华学报》再次复刊，名为《清华大学学报》，每年1期，无卷号，一直到1966年。此后学报历经变革，目前已成为《清华大学学报》（哲学社会科学版）、《清华大学学报》（自然科学版）、《Tsinghua Science and Technology》等三种刊物的学报系列。